ارتباط بین عفونت مداوم HPV و بدخیمی‌های مربوط به دستگاه تناسلی و همچنین سر و گردن به خوبی ثابت شده است، و تخمین زده می‌شود که سرطان‌های مرتبط با HPV که شامل مکان‌های آناتومیکی مختلف می‌شوند، ۴.۵ درصد از کل سرطان‌های انسان را تشکیل می‌دهند.می‌شوند  ارتباط عفونت‌های HPV، به‌ویژه عفونت‌های پایدار، با یک سری از بدخیمی‌ها به خوبی ثابت شده است، که نمونه‌هایی از آن در سرطان آنوژنیتال (سرویکس، فرج، واژن، آلت تناسلی و مقعد)، سرطان سر و گردن (کارسینوم سلول سنگفرشی اوروفارنکس که بر لوزه‌ها تأثیر می‌گذارد، نشان می‌دهد. حفره لوزه، زبان، پایه زبان و کام نرم، سرطان پوست غیر ملانوما در بیماران مبتلا به اپیدرمودیسپلازی وروسیفورمیس (EV) و پیشرفت بدخیم پاپیلوماتوز تنفسی عودکننده را تشکیل می دهند که سرطان دهانه رحم از همه مهمتر است.تخمین زده می شود که سالانه ۵۳۰۰۰۰ مورد جدید و ۲۷۵۰۰۰ مرگ ناشی از سرطان دهانه رحم در سرتاسر جهان رخ می دهد که باعث بار بیماری های جهانی و از دست دادن سال های زندگی، به ویژه در کشورهای در حال توسعه می شود

با این حال، با توجه به این واقعیت که اکثر عفونت‌های HPV که با دیسپلازی اپیتلیال همزمان همراه هستند، طی ۱ تا ۲ سال تحت نظارت ایمونولوژیک پاکسازی می‌شوند، همه عفونت های HPV نیاز به درمان ندارند.از این رو، یک رویکرد انتظار و تماشا معمولا برای بیماران مبتلا به LSIL اتخاذ می شود تا مشخص شود که آیا رگرسیون یا پسرفت خود به خودی وجود دارد یا خیر، در حالی که HSIL عمدتاً با روش های حذف فیزیکی مثل کرایوتراپی یا جراحی درمان می شود.

همه بیماری های مرتبط با HPV دیسپلازی اپیتلیوم را به عنوان مشخصه پاتولوژیک مشترک دارند. به طور خاص، دیسپلازی اپیتلیوم سنگفرشی طبقه بندی شده در محل های آنوژنیتال بیشتر به نئوپلازی داخل اپیتلیال درجه ۱، ۲ و ۳ طبقه بندی می شود(CIN1,2,3) که به ترتیب مربوط به دیسپلازی خفیف، متوسط ​​و شدید است و نئوپلازی داخل اپیتلیال درجه ۳ نیز نشان دهنده کارسینوم درجا است (insitu). اصطلاح LISL در سیتوپاتولوژی معادل نئوپلازی داخل اپیتلیال درجه ۱ است و HSIL به نئوپلازی داخل اپیتلیال درجه ۲ و ۳ اشاره دارد. اما اکثر عفونت‌های HPV در نواحی تناسلی، صرف‌نظر از نوع HPV، منجر به دیسپلازی با درجه پایین می‌شود، که ممکن است به شکل یک ضایعه خوش‌خیم کندیلوماتوز باشد که به احتمال زیاد در عرض ۲ سال به‌طور خودبه‌خود پسرفت می‌کند.

های ریسک اچ پی وی:نقش عفونت پرخطر HPV به عنوان یک پیش نیاز برای توسعه سرطان دهانه رحم به خوبی ثابت شده است. 

تقریباً تمام موارد سرطان دهانه رحم توسط HPV ایجاد می شود و موارد HPV منفی به دلیل محدودیت روش های آزمایش (منفی کاذب) اشتباه طبقه بندی شده اند . HPV-16 شایع ترین نوع یافت شده در سرطان دهانه رحم است و پس از آن HPV-18، -۴۵، -۳۱، -۳۳ و سایر انواع پرخطر قرار دارند . HPV-18 در آدنوکارسینوما در مقایسه با کارسینوم سلول سنگفرشی شایع‌تر است، در حالی که آدنوکارسینوم ۱۰ درصد از کل موارد سرطان دهانه رحم را تشکیل می‌دهد . در مورد انواع کم خطر HPV مانند HPV-6 و -۱۱، آنها بیشتر در ضایعات با درجه پایین مانند نئوپلازی داخل اپیتلیال دهانه رحم (CIN)1 یافت می شوند، اما به ندرت در ضایعات با درجه بالا یافت می شوند (CIN 2، ۳ و ICC). سرطان مقعد از نظر ارتباط با عفونت HPV در رتبه دوم قرار دارد و اکثرا به علت hpv16 است.

تخمین زده می شود که ۷۰٪ موارد سرطان واژن، ۴۵٪ موارد سرطان آلت تناسلی و ۴۰٪ موارد سرطان فرج به HPV، به ویژه HPV-16 نسبت داده می شود.حتی HPV های کم خطر ممکن است به سرطان تبدیل شوند. البته با احتمال بسیار کمتر از نوع های ریسک این مورد دیده می شود. HPV-16 شایع‌ترین نوع پرخطری است که دستگاه گوارش را تحت تأثیر قرار می‌دهد و با بخش کوچکی از سرطان‌های اوروفارنکس، مانند سرطان‌هایی که از لوزه‌ها، حفره‌های لوزه‌ها، پایه زبان و کام نرم منشا می‌گیرند، مرتبط است. شایان ذکر است، شیوع سرطان های دهان و حلق با HPV مثبت به طور قابل توجهی در دهه های گذشته افزایش یافته است .

عفونت پوستی HPV معمولاً باعث سرطان پوست نمی شود.